Các Bộ liên quan trong phạm vi nhiệm vụ quản lý nhà nước của mình, có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn và Văn phòng SPS Việt Nam; chỉ đạo, kiểm tra, chịu trách nhiệm giải quyết lĩnh vực công việc thuộc Bộ mình phụ trách theo nhiệm vụ được giao phục vụ cho công tác Thông báo và Hỏi đáp về vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động thực vật Việt Nam theo quy định, yêu cầu về thời gian, biểu mẫu của Hiệp định về áp dụng các biện pháp vệ sinh và kiểm dịch động thực vật và Ban thư ký WTO.

Nhiệm vụ cụ thể của các Bộ được quy định như sau:

1. Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn:

- Làm đầu mối thông báo và hỏi đáp theo Điều 7 và Phụ lục B của Hiệp định về vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động thực vật của WTO.

- Giúp Chính phủ chỉ đạo, điều hành, phối hợp giữa các Bộ, ngành thực hiện chức năng quản lý nhà nước về áp dụng các biện pháp vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động thực vật của Việt Nam.

- Phân công trách nhiệm cho các tổ chức thuộc Bộ và đôn đốc, kiểm tra, chịu trách nhiệm về hoạt động của Văn phòng SPS Việt Nam; chủ trì, thực hiện thông báo và hỏi đáp các nội dung, quy định về vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động thực vật trên cạn, các sản phẩm chế biến trong nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp (trừ thực phẩm chế biên đóng hộp trong công nghiệp).

2. Bộ Công nghiệp:

Chủ trì, chịu trách nhiệm chuẩn bị, cung cấp tài liệu để thông báo và hỏi đáp các nội dung, quy định về áp dụng các biện pháp liên quan đến vệ sinh thực phẩm đối với các sản phẩm chế biến công nghiệp theo thời gian, mẫu biểu quy định của WTO.

3. Bộ Thuỷ sản:

Chủ trì, chịu trách nhiệm chuẩn bị, cung cấp tài liệu để thông báo và hỏi đáp các nội dung, quy định về áp dụng các biện pháp vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động vật dưới nước theo thời gian, mẫu biểu quy định của WTO.

4. Bộ Y tế:

Chủ trì, chịu trách nhiệm chuẩn bị, cung cấp tài liệu để thông báo và hỏi đáp các nội dung, quy định về áp dụng các biện pháp vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động thực vật liên quan đến vệ sinh an toàn thực phẩm thuộc lĩnh vực Bộ Y tế phụ trách theo thời gian, mẫu biểu quy định của WTO.

5. Bộ Khoa học và Công nghệ:

Chủ trì, chịu trách nhiệm chuẩn bị, cung cấp tài liệu để thông báo và hỏi đáp các nội dung, quy định về tiêu chuẩn chất lượng liên quan đến vệ sinh dịch tễ và kiểm dịch động vật theo thời gian, mẫu biểu quy định của WTO.