Khi xuất khẩu sản phẩm có nguồn gốc động vật sang Nhật Bản, doanh nghiệp Việt Nam thường gặp khó khăn lớn nhất ở khâu kiểm dịch và đăng ký phê duyệt cơ sở sản xuất. Nhật Bản yêu cầu cơ sở xuất khẩu phải được Bộ Nông Lâm Ngư nghiệp Nhật Bản (MAFF) thẩm định và chấp thuận thông qua đánh giá thực địa hoặc hồ sơ, nhằm bảo đảm hệ thống kiểm soát an toàn thực phẩm của Việt Nam tương đương với tiêu chuẩn Nhật.
Ngoài ra, quy trình kiểm dịch và xác nhận điều kiện vệ sinh thú y cũng phức tạp, đòi hỏi hồ sơ chi tiết về truy xuất nguồn gốc, xử lý nhiệt, và hệ thống quản lý chất lượng như HACCP, GMP. Trong khi đó, việc chứng nhận chất lượng (như tiêu chuẩn ISO, HACCP, hay JAS) thường ít vướng mắc hơn nếu doanh nghiệp đã có kinh nghiệm xuất khẩu sang các thị trường cao cấp khác. Vì vậy, rào cản lớn nhất vẫn nằm ở yêu cầu kiểm dịch và công nhận cơ sở xuất khẩu.
3